Solicitud impi-00-001

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Las herramientas nodes y ppn deben utilizarse para decidir cómo debe repartirse un trabajo MPI por el clúster, al igual que para el trabajo OpenMP/hilo. El número de procesos solicitados se calcula mediante el producto de los valores de nodos y ppn. La siguiente combinación de valores de nodos y ppn caracterizará mejor un trabajo MPI que necesite 64 núcleos:
Los trabajos interactivos se inician mejor enviando las solicitudes de recursos directamente al comando qsub en lugar de crear un script de envío de trabajos. La opción -I es crucial porque indica a la máquina que inicie un trabajo interactivo. Las demás opciones deben ser las mismas que para un trabajo normal.

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Un archivo de envío de trabajo se incluye con cada trabajo SLURM. Un archivo de envío de trabajo incluye una colección de solicitudes de recursos (nodos, tiempo de espera, cola), así como una lista de comandos que ejecutan su programa. Las solicitudes de recursos pueden incluirse en el archivo de envío de trabajos o enumerarse en el momento del envío, como se muestra a continuación.
Es posible que desee solicitar varios nodos en algunos casos. Necesitará un programa o código que esté explícitamente diseñado para utilizar varios nodos, como MPI, para utilizar varios nodos. Añadir más nodos a su solicitud no hará que su trabajo sea más rápido. Esta funcionalidad debe ser habilitada por tu código.
Las solicitudes de apoyo también pueden incluirse en el archivo de envío de trabajo. Es preferible registrar las solicitudes de recursos en la solicitud de trabajo para que el trabajo pueda repetirse fácilmente más tarde. Los detalles del historial de comandos se pierden fácilmente. La sintaxis #SBATCH se utiliza para especificar los argumentos:
Las directivas #SBATCH deben colocarse al principio de su archivo de envío. Cuando SLURM se encuentra con una línea que no comienza con ‘#’, dejará de analizar las directivas. Se pasaría por alto si colocas una directiva en el centro de tu documento.

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Por ejemplo, m32, m64, m96 y m192. IMPORTANTE: Hay una distinción entre usar la restricción de memoria #SBATCH -C m32 y usar la directiva de lotes #SBATCH -mem=32000. Al utilizar la directiva de memoria por lotes se define el número tal y como aparece en el Nuevo Julio 2020. – NOTA: Al utilizar /scratch/local, tenga en cuenta lo siguiente: Los usuarios ya no pueden construir directorios en el directorio /scratch/local en el nivel superior. En su lugar, las banderas esenciales en el prólogo de trabajo de slurm (antes de que se inicie el trabajo) son -pty, que indica un terminal interactivo, y /bin/tcsh -l, que especifica el shell a ejecutar. Sustituya /bin/tcsh por /bin/bash si prefiere bash. El -n especifica los trabajos, y el -N especifica los nodos, al igual que cuando se envía un script por lotes.
Usando el comando srun http://slurm.schedmd.com/mpi guide.html explica cómo hacer esto con diferentes distribuciones MPI. /bin/tcsh#SBATCH -J myprog #Un solo nombre de trabajo para el conjunto #SBATCH -n 1 #Número de tareas #SBATCH -N 1 #Todas las tareas en un equipo #SBATCH -p CLUSTER #Partición en algún cluster#SBATCH -A chpc #Cuenta general de CHPC #SBATCH -t 0-2:00 #2 horas (D-HH:MM) #SBATCH -o mi a. out # Producción estándar #SBATCH -e myprog % A % A % A % A % A % A % A % A a.err # Error estándar./miprograma de entrada a.err a.err a.err a.err a SLURM ARRAY TASK ID.dat $SLURM ARRAY TASK ID.dat $SLURM ARRAY

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ifort -mkl mycode.c $ ifort -mkl mycode.c La opción «-mkl» es una versión simplificada de «-mkl=parallel», que vincula su código a la versión roscada de MKL. Utilice «-mkl=sequential» para conectarse a la versión sin hilos. Sólo cuando se utiliza ScaLAPACK u otros paquetes de memoria distribuida es necesaria y relevante una tercera opción, «-mkl=cluster», que también enlaza con las bibliotecas no roscadas. Consulte la documentación de MKL y el asesor de la línea de conexión de Intel MKL para obtener más detalles, incluidas las opciones avanzadas de enlace. Compiladores GNU C, C++ y Fortran con MKL Cargue el módulo MKL antes de compilar o ejecutar su código con un compilador GNU y, a continuación, defina los módulos MKL, las rutas de las bibliotecas y las rutas de inclusión que su aplicación requiere específicamente. Para más detalles, consulte el asesor de línea de enlace Intel MKL. En un sistema TACC, un proceso típico de compilación/vinculación tiene el siguiente aspecto:

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